Η Δρ Βασιλική Παπαγιάννη ασκεί το ιατρικό επάγγελμα από το 1993, χρονιά κατά την οποία εργάστηκε ως υπότροφος ιατρός στο πανεπιστήμιο της Ρώμης “La Sapienza” στο τμήμα Ηλεκτρονικού Μικροσκοπίου.

Στη συνέχεια εργάστηκε στις Γυναικολογικές – Μαιευτικές κλινικές των νοσοκομείων Royal Berkshire Hospital, Wexham Park & Heatherwood Hospital στην Αγγλία, στα οποία διεκπεραιώνονταν 6.500 και 5.000 τοκετοί το χρόνο, αντίστοιχα. Στην Αγγλία, από το 2002 και για ένα έτος συμμετείχε στις δραστηριότητες του τμήματος Fetal Medicine, υπό την εποπτεία του καθηγητή Κύπρου Νικολαϊδη στο King’s College Hospital.
Από το 2000 και για δύο χρόνια, προσέφερε τις υπηρεσίες της στο Αρεταίειο Νοσοκομείο Αθηνών, καθώς συμμετείχε στις δραστηριότητες του Τμήματος Υπερήχων και Εμβρυομητρικής Ιατρικής και στις δραστηριότητες της Β’ Μαιευτικής-Γυναικολογικής Κλινικής Πανεπιστημίου Αθηνών. Στο ίδιο νοσοκομείο και για τα έτη 2003-2006 εργάστηκε ως Επιστημονικός Συνεργάτης στο Τμήμα Υπερήχων και Εμβρυομητρικής Ιατρικής της Β’ Μαιευτικής και Γυναικολογικής Κλινικής του Πανεπιστημίου Αθηνών.

Από το 2023 είναι Clinical Instructor του Nicosia University.

Σήμερα, διατηρεί το δικό της Μαιευτικό & Γυναικολογικό Κέντρο με την επωνυμία “FeminArt” στην Αθήνα και είναι Επιστημονικός Συνεργάτης του νοσοκομείου ΜΗΤΕΡΑ.